Die Geschäftsstelle unterstützt die Organe der Stiftung bei der Erledigung ihrer Aufgaben. Dazu zählen insbesondere die Vorbereitung der Vergabeausschusssitzungen. Weitere Aufgaben sind die Erarbeitung von Beschlussvorlagen, die Abwicklung von Vorstandsentscheidungen und die Presse- und Öffentlichkeitsarbeit. Das Personal und die Büroräumlichkeiten stellt die Bundeswehr zur Verfügung. Derzeit ist die Geschäftsstelle auf der Bonner Hardthöhe mit sieben Dienstposten ausgestattet.