Der Stiftungsrat ist das Kontrollorgan der Härtefallstiftung. Zu seinen Aufgaben zählen die Wahl des Vorstands, die Bestimmung der Mitglieder des Vergabeausschusses, die Festlegung der Vergabekriterien, die Genehmigung des jährlichen Tätigkeitsberichts und die Entlastung des Vorstands. Dem Stiftungsrat gehören unter anderem acht Abgeordnete des Deutschen Bundestages, Vertreter der Militärseelsorge und von der Leitung des Bundesministeriums der Verteidigung benannte Persönlichkeiten an. Vorsitzender des Stiftungsrats ist Oberst André Wüstner.